In sostanza, dobbiamo essere assolutamente certi che non vi siano state impollinazioni trasversali, il fiore maschile e quello femminile siano assolutamente della stessa specie.
Possibilmente scegliere sempre delle specie che una volta adulte si adattino alla lavorazione a bonsai (se questo è il nostro scopo) e, in altre parole, che siano a foglia piccola o in ogni caso rispondano bene alla miniaturizzazione ed anche gli eventuali futuri frutti dovranno essere delle dimensioni adeguate a rispettare le proporzioni pianta-foglie-fiori-frutti. 

    Solitamente, si usa questo sistema per avere piantine adatte a formare boschetti. Dopo pochi anni, ci possiamo sbizzarrire a dare qualsiasi forma, anche la più particolare. Gli esemplari avuti possono servire per praticare innesti sia radicali o aerei, oppure come porta-innesto per marze poco resistenti o particolari e per ricercare nuove varietà. 
Affrontiamo la semina dal lato bonsaistico,  generalmente capita di raccogliere i semi quando la pianta madre lo consente, cioè a maturazione dei frutti, questo avviene nella gran maggioranza dei casi in autunno.
E' molto importante la conservazione dei semi. Sono da evitare quei posti a temperatura elevata (sopra i 18 gradi) e umidi, potrebbero anticipare la germinazione o far ammuffire i semi.
E' importante farli asciugare bene, successivamente metterli in un contenitore riempito di sabbia asciutta o torba, posizionare tutto in un luogo fresco, possibilmente in frigo, fino al momento della semina. Nel caso di grossi semi con involucro coriaceo si consiglia la semina in autunno, perché così facendo si consente ai geli invernali di ammorbidirli e saranno pronti a germinare nella primavera successiva (querce, olivi, ecc.).
Quando i semi sono eccezionalmente duri, si consiglia, addirittura, di incrinare l’involucro con un martello, prestando attenzione a non  rompere tutto (Mandorli, peschi, susini, ecc.) Per le altre specie è sufficiente seminare a fine inverno, inizio primavera. Il metodo più comune consiste: prendiamo un contenitore profondo 10-15 centimetri con dei fori sul fondo per far defluire l’acqua, si forma uno strato di tre centimetri circa di materiale drenante (cocci di vasi rotti, ghiaia o pomice grossa, ecc.), si riempie il contenitore fino a circa due centimetri dal bordo con un terriccio leggero (terriccio universale, oppure torba e sabbia in parti uguali, terriccio di foglie, ecc.), si adagiano i semi sulla superficie, aggiungere ancora terriccio. La regola è che il seme deve essere interrato tanto quanto è il suo spessore. Una volta sotterrato il seme e uniformato il terriccio di superficie, si pone il vaso in luogo riparato in modo:
 1  che non sia al sole pieno ma abbia molta luce;
 2 non ghiacci in caso di gelate tardive che potrebbero uccidere i nuovi  e teneri germogli; 
 3 non abbia troppa acqua in caso di piogge persistenti; 
 4 non subisca l’azione dei venti forti che potrebbero asciugare  velocemente il terreno. 

 A questo punto s’innaffia abbondantemente e si aspetta che ancora una volta la natura si manifesti in tutto il suo fascino. Si consiglia di proteggere con un foglio di nailon, oppure con una lamina di vetro o plastica per aumentare sia il tasso d’umidità sia la temperatura. Ricordarsi di mantenere il terriccio leggermente umido, tenendo presente le differenti esigenze che hanno le varie specie in fatto di umidità (conifere bassa, sempre verdi e spoglianti media, tropicali e simili alta, ecc.)
Un  consiglio, se avete seminato delle conifere ed in particolare pini, è di trattare le nuove piante con un prodotto fungicida contro il marciume del colletto perché questa specie ne soffre molto frequentemente.